Relation of serum IL-32 levels and gene polymorphism rs45499297 with obesity in Mexican patients: a laboratory and in silico analysis

Abstract

Resumen Introducción: la interleucina 32 es una citocina proinflamatoria. El rs45499297 es un polimorfismo de nucleótido simple del gen de IL-32, situado en la región promotora y caracterizado por un cambio de T/C. Objetivo: evaluar el polimorfismo rs45499297 y su asociación con la obesidad, y realizar un análisis in silico. Métodos: el estudio fue transversal e incluyó 333 sujetos clasificados por índice de masa corporal y porcentaje de grasa. Se midieron la glucosa y el perfil lipídico, así como los niveles séricos de IL-32 mediante ELISA y el genotipo del polimorfismo rs45499297 mediante PCR-RFLP. Para el análisis in silico se utilizaron varias bases de datos para hacer la red de genes de IL-32 e inferir factores de transcripción unidos al sitio polimórfico. Resultados: los sujetos con bajo peso y bajo porcentaje de grasa tienen niveles más bajos de IL-32. El genotipo TC y el alelo C se encontraron con menos frecuencia en los sujetos con sobrepeso/obesidad que en los normopeso, resultado que permaneció solo en el género masculino. Se encontró que el factor nuclear de los hepatocitos y la proteína de especificidad 1 se unen a este sitio polimórfico. Se infiere que IL-32 está involucrado en vías metabólicas relacionadas con las infecciones virales. Conclusión: el genotipo TC está asociado al sobrepeso/la obesidad. La disminución de los niveles de IL-32 observada en los sujetos con bajo peso y bajo porcentaje de grasa podría ser por un perfil inflamatorio alterado. El análisis in silico mostró que varios factores de transcripción se unen al sitio polimórfico y que el enriquecimiento de las vías metabólicas es diverso.

Abstract Background: many genes have been involved in the development of obesity. Interleukin 32 (IL-32) is a proinflammatory cytokine; rs45499297 is a T/C promoter, single-nucleotide polymorphism of the IL-32 gene. Objectives: this study aimed to evaluate the rs45499297 polymorphism and its association with obesity. Another objective of this study was to carry out an in silico analysis. Methods: this study was cross-sectional, and included 333 subjects classified by body mass index and fat percentage. The plasma glucose and lipid profile were measured. We measured serum IL-32 protein by ELISA and the rs45499297 polymorphism by PCR-RFLP. We used several databases to build the IL-32 gene network and infer transcription factors that bind to this polymorphic site. Results: subjects underweight and with low fat percentages had lower levels of IL-32. CT genotype and allele C were less frequent in the overweight/obesity group than in the normal-weight group. Interestingly, this result remained only in the male gender. We found that the transcription factors Hepatocyte Nuclear Factor and Specificity Protein 1 bind to this polymorphic site. In addition, we infer that IL-32 is involved in metabolic pathways related to viral infections. Conclusion: the TC genotype is associated with overweight/obesity. The decrease in levels of IL-32 observed in underweight and low fat percentage groups could be due to an impaired inflammatory profile. The in silico analysis showed that several transcriptional factors bind at this polymorphic site, and that the enrichment of the metabolic pathways is diverse.